プロジェクトをオープンし、ファイルを編集し保存するとプロジェクトビューの該当アイテムに修正済マーク
が表示されます。

この状態ではローカルファイルのみが変更された状態ですので、マスターとなるリポジトリに変更を反映させなければなりません。
そのためには
マークの付いたアイテムをプロジェクトビューで選択し、「ソース管理」メニュー(またはコンテキストメニュー)の「リポジトリへ格納」コマンドを使用します。
プロジェクト全体やカテゴリ全体のファイル変更を格納する場合はそのアイコンを選択しコマンドを実行します。
コマンドを実行すると「リポジトリへ格納」ダイアログが表示されます。

ここには変更に際してのコメントを記述します。ここに記述したコメントはリポジトリへリビジョンと共に記録され、後述する「ソース管理ペイン」で参照することができます。
[実行]ボタンを押し実行します。結果がアウトプットビューに表示されます。

成功すると格納後の新しいリビジョン番号に更新されたことが表示され、マスターとしてリポジトリへ登録されます。
格納に失敗した場合以下のようなメッセージが表示されます。

これは、同名のファイルが既に他の開発者によって変更され、リポジトリに格納されマスターファイルのリビジョンが変更されたことを警告しています。
自分のローカルファイルのもとになっているリビジョンとマスターのリビジョンが異なってしまったため、整合性がなくなっている状態になっています。
これを解消するためには次節の「リポジトリから更新・マージ」コマンドによってマスターファイルとの同期を取る必要があります。